Za przyjęciem ustawy głosowało 235 posłów, przeciw było 198, dwóch wstrzymało się od głosu.

Ministerstwo Zdrowia, które przygotowało projekt, podkreślało, że powstanie Agencji jest uzasadnione niesatysfakcjonującym poziomem finansowania badań naukowych w dziedzinie nauk medycznych i nauk o zdrowiu oraz koniecznością zapewnienia instytucjonalnego wsparcia dla finansowania analiz i badań. Do jej zadań będzie należeć m.in. organizacja niekomercyjnych badań klinicznych, prowadzenie analiz i inicjowanie rozwoju nauk medycznych. Agencja ma być wyspecjalizowaną jednostką zrzeszającą krajowych i zagranicznych ekspertów, którzy będą pracować nad innowacyjnością polskiej medycyny. ABM - jak podkreśla resort - ma przynieść korzyści pacjentom i systemowi.

Pierwotnie planowano, że Agencją zarządzać będzie prezes powołany przez ministra na sześć lat i rada, w której skład wejdzie od 15 do 20 członków. Podczas prac w Sejmie ustalono jednak, by odbywało się to w trybie konkursowym.

MZ podnosi, że w obecnym systemie ochrony zdrowia nie funkcjonuje wyspecjalizowana instytucja zajmująca się wspieraniem i rozwojem badań medycznych. Niekomercyjne badania kliniczne stanowią zaledwie około 2 proc. wszystkich badań klinicznych w kraju.

Inwestycje w badania naukowe w obszarze medycyny i nauk o zdrowiu - jak akcentuje resort - przyczynią się do wzrostu jakości wykonywanych świadczeń medycznych, a tym samym do poprawy bezpieczeństwa udzielanych świadczeń.

Zgodnie z ustawą Agencja Badań Medycznych będzie odpowiedzialna za tworzenie i zarządzanie programami, na których podstawie będą finansowane projekty badawcze lub rozwojowe dotyczące nauk medycznych i nauk o zdrowiu, w tym projekty interdyscyplinarne. ABM ma zajmować się upowszechnianiem informacji o planowanych lub ogłaszanych konkursach oraz oceną wniosków i zawieraniem umów z beneficjentami wyłonionymi w konkursach.Agencja ma także m.in. nadzorować i kontrolować realizację projektów badawczych lub rozwojowych, prowadzić własne badania naukowe i prace rozwojowe. Rola ABM będzie też wspieranie przedsiębiorstw w prowadzeniu i rozwijaniu działalności innowacyjnej w dziedzinie nauk medycznych i nauk o zdrowiu.

Agencja będzie finansowana z budżetu państwa i z odpisu z Narodowego Funduszu Zdrowia, stanowiącego 0,3 proc. jego przychodów. ABM będzie także pozyskiwać pieniądze z Unii Europejskiej i z międzynarodowych programów badawczych.