Powstało niedługo po jego męczeńskiej śmierci. W salach dolnego kościoła założył je ówczesny proboszcz, ksiądz prałat Teofil Bogucki. Znajdowały się tam pamiątki po księdzu Jerzym, których wiele pozostało na terenie parafii. W 2004 roku, staraniem kolejnego proboszcza, księdza Zygmunta Malackiego, muzeum otrzymało nowoczesną, multimedialną formę. W 9 salach muzealnych znajduje się kilka tysięcy eksponatów, w tym przedmioty osobiste księdza Jerzego, przedmioty związane z jego męczeńską śmiercią, zdjęcia, prezentacje filmowe i dźwiękowe.
Dokumenty dotyczące galerii:
Ks. Jerzy. Błogosławiony z Żoliborza
Ciała ks. Popiełuszki miał już nikt nigdy więcej nie zobaczyć. Uprowadzony, związany, skatowany, w worku obciążonym kamieniami, wrzucony został w spieniony nurt Wisły 19 października 1984 roku około godz. 22.
Droga Krzyżowa Ludzi Pracy z sali pogrzebowej Muzeum ks. Popiełuszki. Uczestnicz online
Liturgię poprowadzi ks. Michał Kotowski, duszpasterz ludzi pracy archidiecezji warszawskiej.