Kościół pierwotnie miał kształt elipsoidalnej rotundy. Na pozostałościach po niej odkryto ślady drugiej - tym razem czworokątnej świątyni. Na niej z kolei powstał kościół, który po kilku przeróbkach zachował się do dziś. Po prawej stronie ołtarza głównego badacze stworzyli rezerwat archeologiczny - po otwarciu klapy można tam zobaczyć pozostałości pierwszego muru świątyni.
Dokumenty dotyczące galerii:
Mały kościół, wielka historia
Podczas renowacji okazało się, że kościółek św. Benedykta w krakowskim Podgórzu to jedyna przedromańska kamienna świątynia, która znajduje się poza Wzgórzem Wawelskim.