Mszy św. pogrzebowej przewodniczył abp Marek Jędraszewski. W katedrze na Wawelu obecni byli ponadto kard. Stanisław Dziwisz, krakowscy biskupi: Jan Zając, Jan Szkodoń i Damian Muskus OFM. Żegnali go członkowie Kapituły Katedralnej oraz Senat, pracownicy i studenci Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II.

Homilię wygłosił rocznikowy kolega zmarłego ks. infułat Jakub Gil. Wspominał, że swoją rozległą wiedzę zmarły duchowny czerpał nie tylko z książek, szkół i uniwersytetów, ale także od ludzi, z którymi miał kontakt. - Uczył się ludzi. Uczył się od ludzi. Uczył się rozmawiać - zaznaczył kaznodzieja.

Podkreślał miłość zmarłego kapłana do Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II, który współtworzył. - Kochał uczelnię i z wzajemnością był kochany - mówił. Dodał, że pragnieniem pierwszego rektora UPJPII było, by uczelnia była wypełnieniem wizji papieża Polaka.

W imieniu społeczności akademickiej Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II pożegnał pierwszego rektora uczelni jego następca, ks. prof. Wojciech Zyzak. - Śmierć zastała go na posterunku, pośród niedokończonych wykładów i przygotowywanych prac naukowych - mówił. Podkreślał, że zmarły kapłan mimo wieku emerytalnego był wciąż bardzo aktywny na polu naukowym i dydaktycznym. Według mówcy stanowił wzór realizacji zasady, że "zbawienie dusz jest najwyższym prawem Kościoła". - Poza paragrafem zawsze widział osobę. Bóg obdarzył go niezwykłą pamięcią do twarzy i nazwisk. Z tego daru umiał korzystać, budząc niejednokrotnie zdziwienie obdarzonych przez niego życzliwością ludzi, że ich zna i pamięta - wspominał obecny rektor papieskiej uczelni.

Przywołał ostatnią homilię ks. Dyducha, wygłoszoną 8 czerwca na Wawelu, i jego słowa: „Ta uczelnia, dzisiaj jako Uniwersytet Papieski Jana Pawła II, czyż może nie być przedmiotem naszej miłości?”. - Przyjmijmy te słowa jako duchowy testament, jego dziedzictwo serca dla nas wszystkich - apelował duchowny.

Przez swoich współpracowników i przyjaciół zostanie zapamiętany jako dobry człowiek, taktowny i powściągliwy, ale bardzo serdeczny. Rocznikowy kolega ks. Dyducha i jego przyjaciel kard. Stanisław Dziwisz wspominał w rozmowie z dziennikarzami jego wielką wrażliwość i otwartość na drugiego człowieka. - Był bardzo bliski nam wszystkim, przy tym niezwykle obiektywny. Sądy jego były zawsze słuszne. Był prawnikiem pierwszej klasy - mówił.

Po Mszy św. ciało ks. infułata Jana Macieja Dyducha spoczęło na cmentarzu Rakowickim.