Szczególnie pięknie wyglądają po remoncie stalle, z których dekoracji rzeźbiarskich zdjęto kilka warstw malarskich położonych w końcu XX w. i przywrócono miniaturowym scenom wyciętym w drewnie ich dawny blask. Remont objął także kamieniarkę (w tym główny ołtarz, który jest kamienny - zarówno fundament, jak i mensa, a także balustrada go otaczająca z malarską dekoracją Stanisława Wyspiańskiego). - Trzyletni projekt konserwacji został zamknięty. Odnowione jest 60 proc. wnętrza świątyni - powiedział 7 listopada o. Łukasz Brachaczek, nadzorca robót z ramienia zakonu, w trakcie konserwatorskiej prezentacji wyników prac renowacyjnych.

Bardzo zniszczone były także malowidła ścienne w transepcie, które, jak większość dekoracji, są autorstwa S. Wyspiańskiego. I tu wybuchła burza, gdy konserwatorzy postanowili przemalować część dekoracji. Za wzór służyły im oryginalne szkice i kartony Wyspiańskiego, jasne też było, że podczas kolejnych konserwacji dzieła uległy daleko idącej modyfikacji dokonanej przez konserwatorów ubiegłowiecznych. Szarpanina, jaka wybuchła, przypominała żywo najbardziej znane skandale i awantury artystyczne dawniejszych wieków. Krytykom nie podobały się twarze postaci (fakt, zdążyliśmy przez kilkadziesiąt lat przyzwyczaić się do nieco innych). Argumentowano nawet zgoła pozamerytorycznie, że Wyspiański zapewne przewraca się w grobie w obliczu tak świętokradczych zmian.

Na razie franciszkanie i konserwatorzy szykują się do kontynuacji remontu pozostałych 40 proc. bazyliki. Jego koszt jest szacowany wstępnie na ponad 6 mln zł. Społeczny Komitet Odnowy Zabytków Krakowa zadeklarował w lipcu, że da 5 mln zł na ten cel.

A tymczasem możemy podziwiać to, co za pieniądze z Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zabytków Krakowa, gminy miejskiej Kraków, Małopolskiego Urzędu Marszałkowskiego oraz prywatnych darczyńców wykonano już.